Colección especial COVID-19

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https://riunet7pre.upv.es/handle/10251/147394

Esta colección especial recoge todo tipo de materales relacionados con la COVID-19 o de los coronavirus en general como aportación al mejor y más extenso conocimiento de estas enfermedades, como artículos o informes de investigación o materiales más divulgativo en las que ha participado la UPV.

 RDA Recomendaciones y pautas sobre el intercambio de datos para COVID-19,



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Browsing Colección especial COVID-19 by UPV Entity "Centro de Investigación e Innovación en Bioingeniería"

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    Publication
    Characterization of horizontal evolution of RNA viruses using topological data analysis
    (Universitat Politècnica de València, 2020-10-13) Díaz Jordá, Teresa; Tortajada Genaro, Luis Antonio; Arsuaga, Francisco Javier; Characterization of horizontal evolution of RNA viruses using topological data analysis.; Dpto. de Química; Instituto Interuniversitario de Investigación de Reconocimiento Molecular y Desarrollo Tecnológico; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Centro de Investigación e Innovación en Bioingeniería
    [ES] Los virus de ARN son conocidos agentes causantes de algunas enfermedades graves en los seres humanos como la influenza, el VIH, la hepatitis C, Ébola, SARS, MERS o el reciente brote de la COVID19. La evolución de estos virus está impulsada por una tasa de mutación relativamente alta en comparación con los virus de ADN, así como por procesos de intercambio genético, que incluyen redistribución y recombinación. Este último puede ocurrir cuando dos o más virus relacionados coinfectan una misma célula, y se ha demostrado que desempeña un papel fundamental en la capacidad de los virus de ARN (e.g. MERS) para ampliar su rango de infección a humanos. Generalmente, se reconoce la evolución vertical como el cambio genético que se produce a través de generaciones, mientras que los procesos evolutivos horizontales incluyen el intercambio genético entre distintas variantes. La reconstrucción filogenética es uno de los métodos más comúnmente empleados para representar la divergencia de especies debida a la evolución vertical. Sin embargo, los árboles filogenéticos no logran captar los procesos horizontales, en parte porque están limitados a un espacio bidimensional. El Análisis Topológico de Datos (por sus siglas en inglés, TDA) es una aplicación emergente de la topología algebraica en estudios evolutivos que permite inferir procesos horizontales a partir de bases de datos genómicos de gran tamaño. Las conclusiones se extraen a partir de las propiedades topológicas de los datos representados en mayores dimensiones, aplicando herramientas matemáticas fundamentadas en la homología persistente. En estudios previos se ha aplicado la metodología de TDA para la caracterización de redistribución en influenza aviar H7N9 y de recombinación en VIH-1. En la misma línea de investigación, el objetivo de este trabajo es deducir patrones de recombinación en conjuntos de datos de secuencias virales de ARN de gripe aviar, coronavirus en murciélagos, MERS y SARS-CoV-2. Nuestros resultados proporcionan una mayor comprensión de la aplicación de TDA al análisis de secuencias biológicas y contribuyen a la interpretación de la evolución horizontal de los virus de ARN. Más concretamente, la identificación de los eventos de recombinación que se producen entre los coronavirus de murciélago. Asimismo, destacamos el potencial de TDA como una herramienta útil para la evolución de estos virus en los reservorios naturales antes de que emerjan como enfermedades que infectan a los seres humanos, como el SARS-CoV-2.