Colección especial COVID-19

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Esta colección especial recoge todo tipo de materales relacionados con la COVID-19 o de los coronavirus en general como aportación al mejor y más extenso conocimiento de estas enfermedades, como artículos o informes de investigación o materiales más divulgativo en las que ha participado la UPV.
RDA Recomendaciones y pautas sobre el intercambio de datos para COVID-19,

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Análisis funcional de las proteínas ORF3a, ORF6 y Orf7a del SARS-CoV-2 en levadura
(Universitat Politècnica de València, 2021-10-14) Garrido Huarte, José Luis; Pascual-Ahuir Giner, María Desamparados; Proft, Markus Hans; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Dpto. de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[ES] El SARS-CoV-2 (¿severe acute respiratory syndrome coronavirus 2¿) es el agente causante de la enfermedad por coronavirus 2019 (COVID-19), que ha provocado una pandemia sin precedentes en todo el mundo. El gran genoma de ARN de SARS-CoV-2 contiene la información de varias proteínas accesorias. Aunque estos pequeños ORF no son estrictamente necesarios para la infección o la replicación viral, se cree que desempeñan papeles importantes en la modulación de las funciones biológicas de las células huésped, como la respuesta al estrés o la apoptosis. Aquí investigamos las funciones biológicas de tres de las proteínas accesorias del SARS-CoV-2, ORF3a, ORF6 y ORF7a en levadura como modelo celular. Construiremos un conjunto de plásmidos para la expresión constitutiva e inducible por galactosa de cada proteína viral, tanto en un número bajo como en un alto número de copias. Las fusiones de las proteínas ORF con el epítopo flag o con GFP permitirán su detección inmunológica en extractos de levadura o su localización intracelular por microscopía de fluorescencia confocal. Los experimentos de tinción conjunta con núcleos, vacuolas, retículo endoplásmico o mitocondrias revelarán aún más los sitios intracelulares de acción de estas proteínas. El efecto de la sobreexpresión de cada ORF sobre la viabilidad, proliferación, adaptación al estrés y muerte celular apoptótica se cuantificará para las diferentes dosis. En conjunto, desarrollaremos herramientas moleculares para estudiar las funciones biológicas de las proteínas accesorias del SARS-CoV-2 para comprender mejor cómo estas proteínas manipulan las funciones internas de las células huésped.
COVID-19 Impact: A Case Study at the School of Agricultural Engineering and Environment of the Universitat Politècnica de València
(MDPI AG, 2022-09) Clemente Polo, Gabriela; García Prats, Alberto; Lisón Párraga, María Purificación; Rubio Michavila, Constanza; Vidal Puig, Santiago; Ricarte Benedito, Beatriz; Estruch Guitart, Arturo Vicente; Fenollosa Ribera, María Loreto; Manzano Juarez, Juan; Rovira Más, Francisco; Vargas Colás, María Desamparados; San Bautista Primo, Alberto; Dpto. de Tecnología de Alimentos; Dpto. de Producción Vegetal; Dpto. de Física Aplicada; Dpto. de Ingeniería Hidráulica y Medio Ambiente; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Dpto. de Ingeniería Rural y Agroalimentaria; Dpto. de Matemática Aplicada; Dpto. de Estadística e Investigación Operativa Aplicadas y Calidad; Dpto. de Biotecnología; Dpto. de Economía y Ciencias Sociales; Instituto Universitario de Ingeniería del Agua y del Medio Ambiente; Centro Valenciano de Estudios sobre el Riego; Instituto Universitario de Matemática Multidisciplinar; Centro de Investigación de Ingeniería Económica; Instituto Universitario de Ingeniería de Alimentos (FoodUPV); Centro de Tecnologías Físicas: Acústica, Materiales y Astrofísica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural; Grupo de Mecanización y Tecnología Agraria; Grupo de Investigación de Economía Internacional y Desarrollo; Grupo de Análisis y Simulación de Procesos Agroalimentarios; Grupo de Ingeniería Estadística Multivariante GIEM
[EN] To study the first impact of the COVID-19 crisis on the results obtained by students belonging to the School of Agricultural Engineering and Environment at the Universitat Politecnica de Valencia (Spain), the average of the marks corresponding to three academic years (2016-2019) was compared to those obtained in 2019-2020 for a total of four bachelor's degrees and two semesters. Our results suggest a positive effect on the marks obtained during the activation of emergency remote teaching during the spring semester of 2019-2020 in three out of the four degrees, with these differences being significant for the whole study. Moreover, just at the end of that period, instructors and students were surveyed regarding teaching methodologies, evaluation modalities, and difficulties found throughout the process of adapting to distance teaching. Our results allow us to sensibly think about that exceptional situation in order to propose a set of counterweighting measures which could improve the implementation of distance learning in engineering colleges.
COVID-19 y Seguridad Alimentaria
(Universitat Politècnica de València, 2020-10-13) Pimentel Brea, Diana; Hernández Pérez, Manuel; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[ES] El trabajo consiste en una revisión bibliográfica de la información disponible hasta el momento sobre la posible transmisión del SRAS-CoV-2 a través de los alimentos. Se estudiará que dicen los organismos de salud y las autoridades europeas de seguridad alimentaria sobre la transmisión del virus. Por otra parte, expondremos cuáles deben ser las medidas a tomar para prevenir la contaminación de los alimentos a nivel de empresa alimentaria y a nivel de consumidor. También se recogerán las orientaciones para las autoridades responsables del control de la inocuidad de los alimentos. Por otro lado, se mostrará información de la metodología para la detección de virus en agua y alimentos mediante técnicas moleculares modernas.
Disfuncionalidad del IFN-I e implicación en el desarrollo del Síndrome de Liberación de Citoquinas (CRS) en casos severos de COVID-19
(Universitat Politècnica de València, 2021-07-22) Alvarado Añón, Luna; Jantus Lewintre, Eloisa; Esplugues Artola, Enric; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[ES] La aparición del brote de la enfermedad COVID-19 a finales del año 2019, unida a su rápida capacidad de transmisión provocó que, en cuestión de pocos meses, el mundo se viese sumido en una pandemia cuyo principal causante fue un nuevo coronavirus denominado SARS-CoV-2. Consecuentemente, los esfuerzos de la comunidad científica a nivel global han centrado en la caracterización del virus y de su sintomatología asociada, especialmente a los casos más severos de la enfermedad, y los mecanismos moleculares que los provocan, por lo que el trabajo de clasificar y relacionar toda esta información publicada se convierte en una ardua tarea, pero no por ello deja de ser indispensable. Esta revisión describe, por tanto, las características principales del SARS-CoV-2, centrándose en la disfuncionalidad del interferón de tipo I (IFN I) y su implicación en el desarrollo del Síndrome de Liberación de Citoquinas (CRS), que origina una inflamación a nivel sistémico y, en muchos casos, da lugar al fallecimiento de los pacientes. Además, aspira a recopilar, dentro de una única publicación, toda la información obtenida hasta la fecha asociada a estos dos sucesos fisiológicos dentro del contexto de los casos severos de COVID-19 para poder actuar como nexo de unión en la comprensión de las implicaciones entre ambos. Finalmente, se proponen diversos enfoques en cuanto al posible desarrollo de tratamientos centrados en la prevención y cuidado del CRS y su cuadro clínico asociado.
Entendiendo los mecanismos que conducen al escape inmunológico y la patogenia del nuevo coronavirus SARS-CoV-2
(Elsevier, 2020) Sirera Pérez, Rafael; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
Las nuevas variantes del SARS-CoV-2 que nadie busca y que están haciendo al virus más resistente a la respuesta inmunitaria
(Sociedad Española de Inmunología, 2021) Sirera Pérez, Rafael; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
Potential In Vitro Inhibition of Selected Plant Extracts against SARS-CoV-2 Chymotripsin-Like Protease (3CLPro) Activity
(MDPI AG, 2021-07) Guijarro-Real, Carla; Plazas Ávila, María de la O; Rodríguez Burruezo, Adrián; Prohens Tomás, Jaime; Fita Fernández, Ana María; Dpto. de Biotecnología; Instituto Universitario de Conservación y Mejora de la Agrodiversidad Valenciana; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[EN] Antiviral treatments inhibiting Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSCoV-2) replication may represent a strategy complementary to vaccination to fight the ongoing Coronavirus disease 19 (COVID-19) pandemic. Molecules or extracts inhibiting the SARS-CoV-2 chymotripsin-like protease (3CLPro) could contribute to reducing or suppressing SARS-CoV-2 replication. Using a targeted approach, we identified 17 plant products that are included in current and traditional cuisines as promising inhibitors of SARS-CoV-2 3CLPro activity. Methanolic extracts were evaluated in vitro for inhibition of SARS-CoV-2 3CLPro activity using a quenched fluorescence resonance energy transfer (FRET) assay. Extracts from turmeric (Curcuma longa) rhizomes, mustard (Brassica nigra) seeds, and wall rocket (Diplotaxis erucoides subsp. erucoides) at 500 ug mL-1 displayed significant inhibition of the 3CLPro activity, resulting in residual protease activities of 0.0%, 9.4%, and 14.9%, respectively. Using different extract concentrations, an IC50 value of 15.74 ug mL-1 was calculated for turmeric extract. Commercial curcumin inhibited the 3CLPro activity, but did not fully account for the inhibitory effect of turmeric rhizomes extracts, suggesting that other components of the turmeric extract must also play a main role in inhibiting the 3CLPro activity. Sinigrin, a major glucosinolate present in mustard seeds and wall rocket, did not have relevant 3CLPro inhibitory activity; however, its hydrolysis product allyl isothiocyanate had an IC50 value of 41.43 ug mL-1. The current study identifies plant extracts and molecules that can be of interest in the search for treatments against COVID-19, acting as a basis for future chemical, in vivo, and clinical trials.
Reseña del libro "Tus defensas frente al coronavirus" por Jorge Laborda
(Sociedad Española de Inmunología, 2021) Sirera Pérez, Rafael; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
Ribozimas en RNAs circulares como herramienta biotecnológica para el silenciamiento génico y viral: una nueva aproximación contra el SARS-CoV2
(Universitat Politècnica de València, 2021-07-30) Muñoz Triviño, Jorge Jaime; Lisón Párraga, María Purificación; La Peña Del Rivero, Marcos de; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Dpto. de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[ES] En el contexto de una pandemia mundial, ocasionada por el virus SARS-CoV2, que ha provocado más de cuatro millones de fallecidos en apenas más de un año, el surgimiento de nuevas estrategias terapéuticas para luchar contra la enfermedad es inevitable. En el presente trabajo se realiza una primera aproximación al uso de ribozimas en tándem en RNAs circulares como una nueva herramienta en biología molecular para el silenciamiento génico y como potencial fármaco contra la COVID-19: los recién denominados ScissCircs. Las ribozimas son RNAs con actividad catalítica que se encuentran diseminadas en numerosos genomas a lo largo del árbol de la vida. Entre las más destacadas encontramos al propio ribosoma, la Ribonucleasa P o la maquinaria de splicing de intrones entre otros. Sin embargo, existen otras igualmente destacables, como las ribozimas pequeñas de autocorte, de las cuales nos centraremos en dos de familias: las ribozimas cabeza de martillo o hammerhead (HHR) y las ribozimas twister (TwR). Estos ribozimas presentan un centro catalítico altamente conservado, donde se encuentra el sitio de autocorte, y estructuras secundarias y terciarias importantes para la eficiencia y velocidad de catálisis. La existencia de estas secuencias y estructuras consenso proporciona una vía biotecnológica al diseño de estas ribozimas para el corte en trans de otras cadenas de RNA diana. Los RNAs circulares con altamente estables y resistentes a exonucleasas y se han encontrado en gran cantidad dentro de células tanto procariotas como eucariotas, formando parte de elementos transponibles o agentes subvirales como intermediario de su replicación o participando en la regulación génica de la célula. Para cumplir los objetivos de este trabajo, se ha realizado inicialmente una búsqueda de dianas para las ribozimas HHR y TwR en dos secuencias de RNA diferentes. Por un lado, se han diseñado las ribozimas y la secuencia del ScissCirc para el virus y se han propuesto diferentes estrategias de abordaje al silenciamiento viral. Por otro lado, de la misma manera se han diseñado ribozimas para el RNA codificante de la proteína fluorescente eGFP y se han realizado experimentos in vitro para comprobar su corte y caracterizar su cinética y condiciones óptimas. Los resultados obtenidos han permitido confirmar el corte del RNA catalítico diseñado sobre su diana. Además, la estrategia propuesta para la circularización del RNA también ha resultado exitosa. Estos primeros pasos sientan las bases para continuar con la investigación de estas nuevas herramientas biotecnológicas que, una vez optimizadas, podrían usarse como herramienta fundamental en biología molecular y como posible fármaco para infecciones virales, enfermedades de base genética o, incluso, la lucha contra el cáncer.
Seguimiento de SARS-CoV-2 en aguas residuales como método de vigilancia ambiental y epidemiológica
(Universitat Politècnica de València, 2020-09-25) Pérez-Cardona García, Antonio; Bueso Ródenas, Eduardo; Hernandez Fort, Carmen; Instituto Universitario Mixto de Biología Molecular y Celular de Plantas; Dpto. de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[ES] El surgimiento de un nuevo coronavirus, SARS-CoV-2, en Wuhan (China) y su rápida propagación a nivel global, ha derivado en la pandemia más importante de lo que llevamos de siglo, con más de 14 millones de casos confirmados a día 18 de julio de 2020. El espectro clínico de la enfermedad es muy variable, abarcando desde pacientes asintomáticos o paucisintomáticos hasta cuadros clínicos similares a la neumonía, caracterizados por fallo respiratorio, que conlleva la necesidad de ventilación mecánica y el ingreso del paciente en la unidad de cuidados intensivos. En los casos más graves la enfermedad puede producir fallo orgánico, sepsis y finalmente la muerte. La rápida expansión del virus, facilitada por su periodo de incubación (entre 3 y 14 días) y la ausencia de vacunas, tratamiento y tests sencillos de diagnóstico, ha llevado a los gobiernos de todo el mundo a tomar medidas drásticas para evitar el colapso de sus sistemas sanitarios, siendo la más extendida el confinamiento de la población, el cual lleva consigo una gran repercusión social y económica. A día de hoy se están llevando a cabo campañas de tests individuales RT-qPCR para analizar la prevalencia del virus en la población. Sin embargo, esta forma de diagnóstico presenta problemas ya que se puede realizar solo a una pequeña parte de la población y no parece ser un método factible de vigilancia y seguimiento del virus a largo plazo. A pesar de que COVID-19 es una enfermedad principalmente respiratoria, se han realizado estudios que confirman la presencia del virus y/o su material genético en heces, y no solo de pacientes que manifiestan síntomas, sino también de individuos asintomáticos o que han superado la enfermedad recientemente. Esto sugiere que el virus o su material genético se podría encontrar también en aguas residuales. En este documento se pretende realizar una revisión sistemática de artículos científicos con el fin de plantear la posibilidad de realizar un seguimiento y vigilancia de SARS-CoV-2 mediante el análisis de aguas residuales, lo que se postula como un método no invasivo, simple y barato de control y vigilancia ambiental y epidemiológica de dicho virus, tanto en la situación actual como en nuevos brotes potenciales.
¿Será la vacuna el final de la pandemia COVID-19?
(Elsevier, 2020) Sirera Pérez, Rafael; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
Las vacunas de ARNm una nueva forma de generar inmunidad contra SARS-CoV-2
(Sociedad Española de Inmunología, 2020-06) Sirera Pérez, Rafael; Dpto. de Biotecnología; Centro Avanzado de Microbiología de Alimentos; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
Vesículas extracelulares (EVs) derivadas de células estromales mesenquimales (MSCs): un nuevo enfoque terapéutico para la Covid-19
(Universitat Politècnica de València, 2021-01-13) Pons Alonso, Omar; García Gimeno, María Adelaida; Dpto. de Biotecnología; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Agronómica y del Medio Natural
[ES] La COVID-19 es la enfermedad causada por el coronavirus descubierto recientemente, el SARS-CoV-2. Actualmente se trata de una pandemia que afecta a numerosos países de todo el mundo y que está causando un elevado número de muertes. La virulencia del SARS-CoV-2 se debe principalmente a su capacidad para producir una reacción exacerbada de la respuesta inmune, provocando una liberación aguda de citoquinas proinflamatorias en el pulmón, lo que se conoce como tormenta de citoquinas. La lesión pulmonar inducida por inflamación provoca disfunción del intercambio gaseoso, síndrome de dificultad respiratoria aguda y disfunción multiorgánica, conduciendo a la muerte del paciente. En este aspecto, resulta de gran interés encontrar una terapia que regule la respuesta inmune de manera eficaz. Las células estromales mesenquimales (MSCs) han despertado un fuerte interés en la comunidad científica en los últimos años debido a sus propiedades inmunorreguladoras y a su capacidad para regenerar tejidos dañados. Por este motivo, el tratamiento de la COVD-19 basado en MSCs se ha propuesto como un enfoque terapéutico adecuado y ya se han comenzado varios ensayos clínicos. Las MSCs podrían proteger las células epiteliales alveolares, regenerar el microambiente pulmonar, prevenir la fibrosis y evitar la tormenta de citoquinas gracias a su capacidad inmunomoduladora. Las propiedades de las MSCs se deben a un mecanismo paracrino. Secretan factores solubles que regulan la respuesta inmune y promueven la supervivencia celular. Entre estos factores destacan las vesículas extracelulares (EVs). Una terapia basada en EVs evita los efectos adversos asociados a la terapia basada en células, como la obstrucción de la microvasculatura, la tumorigenicidad y el riesgo de infección. Los ensayos clínicos en los que se han utilizado las MSCs como tratamiento de patologías en las que hay una desregulación del sistema inmune han mostrado resultados inconsistentes, probablemente debido al uso de diferentes fuentes de MSCs y a las diferentes condiciones de cultivo. En este contexto, resulta de vital importancia determinar la fuente de MSCs que presenta un mayor potencial terapéutico.

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