Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular
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- PublicaciónCloud Computing PaaS Platform Cloud ComPaaS(Universitat Politècnica de València, 2011-12-20) García García, Andrés; Hernández García, Vicente; Alfonso Laguna, Carlos de; Instituto de Instrumentación para Imagen MolecularEn esta Tesis de Máster presentamos Cloud ComPaaS, una herramienta para la puesta en marcha de nubes PaaS privadas. A lo largo del documento repasamos la historia y estado del arte del Cloud Computing, definimos la especificación y arquitectura, describimos los módulos y presentamos la implementación de un prototipo reducido de la plataforma.
- PublicaciónOptimización para la Creación de Mapas de Prominencia(Universitat Politècnica de València, 2019-10-09) Fernández Martín, Claudio; Cerdá Boluda, Joaquín; Aykut, Tamay; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular[ES] Este Trabajo Fin de Grado (TFG) está seccionado en dos partes principales, ambas relacionadas con la atención visual humana. La primera de ellas consiste en la creación de un nuevo set de datos el cual contiene los valores de rastreo ocular y los movimientos de la cabeza de los usuarios al visualizar videos inmersivos de 360º en un entorno de realidad virtual. La segunda parte, comprende el diseño, desarrollo, entrenamiento y evaluación de un modelo basado en aprendizaje profundo para la predicción de mapas de prominencia en tiempo real utilizando redes neuronales convolucionales.
- PublicaciónBlender: Interpolación y extrapolación en animaciones(Universitat Politècnica de València, 2019-05-13T10:50:08Z) Cerdá Boluda, Joaquín; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Instituto de Instrumentación para Imagen MolecularEn este polimedia describimos la manera de seleccionar el tipo de interpolación que realizará Blender para construir una animación entre dos keyframes o fotogramas clave. También se enumeran posibles tipos de extrapolación, más allá de los keyframes definidos
- PublicaciónSimulación completa de una máquina de estados(Universitat Politècnica de València, 2017-05-18) Gadea Gironés, Rafael; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Instituto de Instrumentación para Imagen MolecularVamos a ver de manera conjunta la creación de estímulos y la observación de resultados de un diseño HDL mediante un banco de pruebas también realizado en HDL
- PublicaciónDiseño e implementación de controlador de pantallas mediante pic24 con freertos(Universitat Politècnica de València, 2015-07-27) Navasquillo Miralles, Alberto José; Gadea Gironés, Rafael; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular[EN] Integration of FreeRTOS on PIC24 devices
- PublicaciónReconstrucción de alta resolución en tomografía axial computerizada : cálculo de una matriz del sistema polar por el método de Joseph(Universitat Politècnica de València, 2011-03-01) Iborra Carreres, Amadeo; Rodríguez Álvarez, María José; Soriano Asensi, Antonio; Departamento de Matemática Aplicada; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular
- PublicaciónElectrónica de control de un sistema de inyección para instrumentación analítica(Universitat Politècnica de València, 2021-04-21) Gómez Salinas, Iván; Toledo Alarcón, José Francisco; Poveda Lerma, Antonio; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Politécnica Superior de Gandia; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular[ES] El propósito de este proyecto consiste en el desarrollo y puesta en marcha de la electrónica para un sistema de inyección en equipos de instrumentación analítica. Para ello, se diseñará la parte hardware de la electrónica, tanto esquemáticos como layout. Una vez diseñada la electrónica, se verificará el correcto funcionamiento de todos los elementos mediante un sencillo firmware. Además de realizar una serie de pruebas para comprobar su viabilidad térmica y el diseño de protecciones para el cumplimiento de determinados ensayos de inmunidad (ED. ESD) asociados a los equipos de instrumentación analítica.
- PublicaciónCompresor basado en Transformada Wavelet para el Sistema de Adquisición de Datos de PETALO(Universitat Politècnica de València, 2019-10-09) Antequera Cañadas, Pedro; Herrero Bosch, Vicente; Gadea Gironés, Rafael; Departamento de Ingeniería Electrónica; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular[ES] El TFG consiste en proponer un diseño para un bloque compresor de imágenes basado un esquema de Transformada Wavelet + Cuantificador. El objetivo se centra en intentar conseguir ratios de compresión inferiores o cercanos al 50% con la mayor velocidad posible de procesado. Para ello el alumno deberá de evaluar distintas bases de funciones Wavelet y escoger las que mejor se comporten para la aplicación específica, desde el punto de vista de unos parámetros concretos que son fundamentales en la determinación de la posición tridimensional del evento de absorción del fotón gamma en el detector. Una vez seleccionada la base y establecida la precisión de la cuantificación aplicada a cada salida de la transformada, se propondrá una estructura de filtro hardware en punto fijo para realizar la implementación del mismo. Dicha implementación será verificada y optimizada con vistas a conseguir la mayor frecuencia de operación y menor latencia posibles.
- PublicaciónPADC nuclear track detector for ion spectroscopy in laser-plasma acceleration(Elsevier, 2020-08) Seimetz, Michael; Peñas, J.; Llerena, J. J.; Benlliure, J.; García López, J.; Millán-Callado, M. A.; Benlloch Baviera, Jose María; Instituto de Instrumentación para Imagen Molecular; Consejo Superior de Investigaciones Científicas; Ministerio de Economía y Competitividad[EN] The transparent polymer polyallyl-diglycol-carbonate (PADC), also known as CR-39, is widely used as detector for heavy charged particles at low fluence. It allows for detection of single protons and ions via formation of microscopic tracks after etching in NaOH or KOH solutions. PADC combines a high sensitivity and high specificity with inertness towards electromagnetic noise. Present fields of application include laser-ion acceleration, inertial confinement fusion, radiobiological studies with cell cultures, and dosimetry of nuclear fragments in particle therapy. These require precise knowledge of the energy-dependent response of PADC to different ion species. We present calibration data for a new type of detector material, Radosys RS39, to protons (0.2-3 MeV) and carbon ions (0.6-12 MeV). RS39 is less sensitive to protons than other types of PADC. Its response to carbon ions, however, is similar to other materials. Our data indicate that RS39 allows for measuring carbon ion energies up to 10 MeV only from the track diameters. In addition, it can be used for discrimination between protons and carbon ions in a single etching process.
- PublicaciónInexact Mapping of Short Biological Sequences in High Performance Computational Environments(Universitat Politècnica de València, 2014-10-30T08:38:25Z) Salavert Torres, José; Blanquer Espert, Ignacio; Escuela Técnica Superior de Ingeniería de Telecomunicación; Departamento de Sistemas Informáticos y Computación; Escuela Técnica Superior de Ingeniería Informática; Instituto de Instrumentación para Imagen MolecularLa bioinformática es la aplicación de las ciencias computacionales a la gestión y análisis de datos biológicos. A partir de 2005, con la aparición de los secuenciadores de ADN de nueva generación surge lo que se conoce como Next Generation Sequencing o NGS. Un único experimento biológico puesto en marcha en una máquina de secuenciación NGS puede producir fácilmente cientos de gigabytes o incluso terabytes de datos. Dependiendo de la técnica elegida este proceso puede realizarse en unas pocas horas o días. La disponibilidad de recursos locales asequibles, tales como los procesadores multinúcleo o las nuevas tarjetas gráfi cas preparadas para el cálculo de propósito general GPGPU (General Purpose Graphic Processing Unit ), constituye una gran oportunidad para hacer frente a estos problemas. En la actualidad, un tema abordado con frecuencia es el alineamiento de secuencias de ADN. En bioinformática, el alineamiento permite comparar dos o más secuencias de ADN, ARN, o estructuras primarias proteicas, resaltando sus zonas de similitud. Dichas similitudes podrían indicar relaciones funcionales o evolutivas entre los genes o proteínas consultados. Además, la existencia de similitudes entre las secuencias de un individuo paciente y de otro individuo con una enfermedad genética detectada podría utilizarse de manera efectiva en el campo de la medicina diagnóstica. El problema en torno al que gira el desarrollo de la tesis doctoral consiste en la localización de fragmentos de secuencia cortos dentro del ADN. Esto se conoce bajo el sobrenombre de mapeo de secuencia o sequence mapping. Dicho mapeo debe permitir errores, pudiendo mapear secuencias incluso existiendo variabilidad genética o errores de lectura en el mapeo. Existen diversas técnicas para abordar el mapeo, pero desde la aparición de la NGS destaca la búsqueda por pre jos indexados y agrupados mediante la transformada de Burrows-Wheeler [28] (o BWT en lo sucesivo). Dicha transformada se empleó originalmente en técnicas de compresión de datos, como es el caso del algoritmo bzip2. Su utilización como herramienta para la indización y búsqueda posterior de información es más reciente [22]. La ventaja es que su complejidad computacional depende únicamente de la longitud de la secuencia a mapear. Por otra parte, una gran cantidad de técnicas de alineamiento se basan en algoritmos de programación dinámica, ya sea Smith-Watterman o modelos ocultos de Markov. Estos proporcionan mayor sensibilidad, permitiendo mayor cantidad de errores, pero su coste computacional es mayor y depende del tamaño de la secuencia multiplicado por el de la cadena de referencia. Muchas herramientas combinan una primera fase de búsqueda con la BWT de regiones candidatas al alineamiento y una segunda fase de alineamiento local en la que se mapean cadenas con Smith-Watterman o HMM. Cuando estamos mapeando permitiendo pocos errores, una segunda fase con un algoritmo de programación dinámica resulta demasiado costosa, por lo que una búsqueda inexacta basada en BWT puede resultar más e ficiente. La principal motivación de la tesis doctoral es la implementación de un algoritmo de búsqueda inexacta basado únicamente en la BWT, adaptándolo a las arquitecturas paralelas modernas, tanto en CPU como en GPGPU. El algoritmo constituirá un método nuevo de rami cación y poda adaptado a la información genómica. Durante el periodo de estancia se estudiarán los Modelos ocultos de Markov y se realizará una implementación sobre modelos de computación funcional GTA (Aggregate o Test o Generate), así como la paralelización en memoria compartida y distribuida de dicha plataforma de programación funcional.